Jơ Ngây là một bộ phận không thể tách rời trong địa bàn huyện Đông Giang, nên có những đặc điểm lịch sử, xã hội và truyền thống văn hóa giống các địa phương khác trong toàn huyện.

Về lịch sử, cho đến Thế kỷ XVIII, chưa có tài liệu nào xác thực sự quản lý của nhà nước phong kiến đến vùng đất Đông Giang. Tuy nhiên, là vùng đất thuộc Quảng Nam, nên có lịch sử hình thành và phát triển thuộc hệ thống chia tách các đơn vị hành chính của tỉnh qua các thời kỳ lịch sử khác nhau. 

Vào năm 111 TrCN, tỉnh Quảng Nam là địa phận quận Nhật Nam- một trong ba quận của Âu Lạc (ba quận là: Giao Chỉ, Cửu Chân và Nhật Nam). Từ đó, khẳng định Jơ Ngây nói riêng, Đông Giang nói chung nằm trong địa phận quận Nhật Nam - Âu Lạc. 

Sau tháng 6 (AL) năm 1036, vua Chiêm Thành là Chế Mân dâng 2 Châu Ô và Rí (Lý)  làm lễ sính cưới Huyền Trân Công Chúa. Tháng Giêng năm 1037, nhà Trần đổi Châu Ô thành Châu Thuận, Châu Lý thành Châu Hóa. Lập huyện Điện Bàn miền núi thuộc Phủ Triệu Phong, Châu Hóa. Vùng đất Jơ Ngây nói riêng, Đông Giang nói chung thuộc huyện Điện Bàn, Phủ Triệu Phong, Châu Hóa.

Thời Nhà Hồ, đất Quảng Nam là Châu Thăng và Châu Hoa. Bấy giờ, Jơ Ngây nói riêng, Đông Giang nói chung vẫn thuộc huyện Điện Bàn, Phủ Triệu Phong, Châu Hóa . Và, suốt gần nửa thiên niên kỷ sau đó, qua nhiều lần thay đổi, vùng đất Jơ Ngây nói riêng, Đông Giang nói chung vẫn thuộc huyện Điện Bàn, Phủ Triệu Phong, Châu Hóa.

Sau khi chinh phạt Chiêm Thành, năm 1471, vua Lê Thánh Tông thành lập đạo thừa tuyên Quảng Nam. Năm 1520, vua Lê Chiêu Tông đổi thành trấn Quảng Nam. Năm 1602, Nguyễn Hoàng đổi trấn Quảng Nam thành dinh Quảng Nam. Vùng đất bắc Sông Thu Bồn nói chung, Đông Giang nói riêng bấy giờ thuộc phủ Triệu Phong của trấn Thuận Hóa. 

Năm 1604, Nguyễn Hoàng tách huyện Điện Bàn ra khỏi trấn Thuận Hóa, thăng lên thành phủ và nhập về Quảng Nam. Dinh trấn Quảng Nam đóng tại xã Thanh Chiêm, huyện Diên Phước, phủ Điện Bàn. Từ đây, vùng đất Đông Giang nói chung, Jơ Ngây nói riêng thuộc phủ Điện Bàn, dinh Quảng Nam.

Năm 1803, vua Gia Long lập Dinh Quảng Nam gồm 2 phủ: Thăng Hoa và Điện Bàn. Phủ Điện Bàn gồm 2 huyện: Diên Phước và Hòa Vang. Năm 1806, dinh Quảng Nam đổi thành trực lệ Quảng Nam dinh thuộc Kinh Sư. Năm 1827, vua Minh Mạng cho đổi thành trấn Quảng Nam. Năm 1832, đổi trấn Quảng Nam thành tỉnh Quảng Nam . Vùng đất Đông Giang nói chung, Jơ Ngây nói riêng, lúc bấy giờ thuộc phủ Điện Bàn.

Năm Thành Thái thứ 11 (1899), Nam Triều cắt hai tổng Đại An, Hòa Mỹ của huyện Diên Phước và 3 tổng Đức Hòa, An Phước, Phú Khê của huyện Hòa Vang để thành lập huyện Đại Lộc . Năm 1915, tỉnh Quảng Nam gồm 3 phủ (Điện Bàn, Thăng Bình, Tam Kỳ); 4 huyện (Duy Xuyên, Đại Lộc, Hòa Vang, Quế Sơn). Vùng đất Đại Lộc xưa bao gồm cả vùng núi rộng lớn, nay thuộc các huyện Tây Giang, Nam Giang, Đông Giang và huyện Hòa Vang, Thành phố Đà Nẵng . Tóm lại vùng đất Jơ Ngây- Đông Giang lúc bấy giờ thuộc huyện Đại Lộc, phủ Điện Bàn, Quảng Nam. Cho đến Cách mạng tháng Tám năm 1945, Quảng Nam là một trong 18 tỉnh của Trung Kỳ 

Từ năm 1946 đến trước 1949, theo Hiến pháp năm 1946 quy định: dưới cấp Trung ương gọi là tỉnh, dưới tỉnh gọi là huyện, dưới huyện gọi là xã. Đông Giang chưa có cấp hành chính độc lập, mà khi đó còn là vùng đất thuộc huyện Đại Lộc. .

Trước yêu cầu của cuộc kháng chiến, đội ngũ cán bộ vùng Hiên được tăng cường đảm bảo yêu cầu lãnh đạo phong trào cách mạng ở địa phương vùng núi. Cuối năm 1946, Đoàn cán bộ xây dựng vùng Bến Hiên được thành lập với nhiệm vụ đi sâu vào các vùng đồng bào Cơtu vận động cách mạng, trước tiên ở các làng vùng thấp. Một trong những nhiệm vụ được đặt ra lúc này là tuyên truyền, giải thích về lá cờ đỏ sao vàng; từng bước tiến tới xây dựng chính quyền thôn, liên thôn...Đến tháng 3 năm 1949, về cơ bản chính quyền các xã vùng thấp, như: Hiên Đươm, BhaCoong, Đhơghrêi , Ma cooih và A roong đã được thành lập, sau đó là các xã vùng trung và vùng cao. Các xã này thuộc huyện Đại Lộc, Quảng Nam.

Sau thời gian hoàn thiện thành lập chính quyền xã, ngày 01 tháng 10 năm 1950, vùng Bến Hiên tách khỏi Đại Lộc, thành lập huyện Bến Hiên , tỉnh Quảng Nam, gồm các xã: Hiên Đươm (Cramlo), BhaCoong, Đhrêi, Avương, Anông, Coong Cơghiêr, Axur, Ach, Ma Cooih, Rơngung, Aroong, Tr’hy. Hiên Đươm là tên tiền thân của xã Jơ Ngây .

Sau đó, xã Hiên Đươm (Cramlo) giải thể, thành lập xã mới trên cơ sở điều chỉnh các thôn của xã BhaCoong để thành xã Zngêi. Tên gọi ngày nay của xã có từ đây. Lúc bấy giờ, xã Zngêi có 14 thôn có dân cư, gồm: thôn Bút Zớl,  Bút Axir (nay là thôn Đhua), thôn Bút Prlong (nay là thôn Nhót) , thôn Bhôlô Bền, thôn Bhôlô Sơn, thôn Bhôlô Hiên, thôn Bhôlô Gihăh (không còn), thôn Pơ Zong (nay là thôn Kèng), thôn Pơ Nghui (nay là thôn Dáo), thôn Pe Achây (không còn), thôn Zaha, thôn Pơ Đôi (không còn), thôn Chađao và thôn Ơi Caning (không còn).

Từ năm 1950 đến năm 1954, giải thể hai xã Bh'coong và Zngêi, thành lập ba xã mới, là: lấy lại tên cũ là xã Hiên Đươm (nhập một số thôn của xã BhaCoong và một số thôn của xã Zngêi); xã ANoong (nhập xã Kà Dăng hiện nay và một số thôn của xã Mà Cooih, như: Pơ Che, Pơ Alanh, Pơ xơơ) và xã Gh'râu (nhập một số thôn của xã BhaCoong và một số thôn của xã Zngêi). Tên thôn không thay đổi.

Từ năm 1954 đến năm 1960, giải thể ba xã Hiên Đươm, ANoong và Gh'râu để thành lập hai xã mới, là: xã Đhrêi và xã Zngêi.

Năm 1960, theo chủ trương của Đại hội đại biểu Đảng bộ tỉnh họp tại làng Ađhur, bên bờ sông A Vương vào tháng 1 năm 1960, các huyện Hiên, Giằng, Hải Nam, miền Tây Hòa Vang hợp nhất thành huyện Thống Nhất. Lúc này huyện Thống Nhất có 11 xã thuộc ba khu vực: Khu I, Khu IIA và Khu IIB. Khu IIB có ba xã là: Kà Dăng, Zngêi và Đhrêi.  Như vậy, xã Zngêi thuộc huyện Thống Nhất, tỉnh Quảng Nam. Địa giới hành chính các xã thuộc Khu IIB thường xuyên thay đổi, chia tách, sát nhập.

Năm 1962, sau khi chính quyền Sài Gòn chia tỉnh Quảng Nam thành hai tỉnh Quảng Tín và Quảng Nam, thực hiện Nghị quyết của Khu ủy V, Quảng Nam chia thành hai tỉnh để tiện việc tổ chức và chỉ đạo: tỉnh Quảng Đà ở phía Bắc và tỉnh Quảng Nam ở phía Nam. Xã Zngêi trực thuộc huyện Thống Nhất, tỉnh Quảng Đà.

Tháng 3 năm 1963, Tỉnh ủy Quảng Đà quyết định giải thể huyện Thống Nhất, thành lập ba huyện là: Tây Giang, Đông Giang (gồm cả huyện Hiên cũ, vùng Tr’hy và miền Tây, huyện Hòa Vang) và Nam Giang. Theo đó, huyện Đông Giang có 11 xã, gồm: Đhrêi, Hiên Đươm, Cà Dăng, Ta Lu, Ma Cooih, Za Hung, Ta Roong (xã Một), Tah (xã Hai), Ca Măng (xã Ba), Ga Doong (xã Tư) và Adá (xã Năm). Hiên Đươm là tên gọi bấy giờ của xã Zngêi.

Để chuẩn bị cho cuộc tiến công và nổi dậy dành chính quyền, ngày 17 tháng 11 năm 1974, Tỉnh ủy Quảng Đà ra Quyết nghị số 15- NQ/TV hợp nhất huyện Đông Giang và Tây Giang thành huyện Đông - Tây Giang. Hội nghị hợp nhất diễn ra ở xã Ma Cooih, bên dòng sông AVương. Lúc bấy giờ có điều chỉnh và đổi tên xã, không còn xã Hiên Đươm, xã Đhrêi (bao gồm cả xã Sông Kôn và Jơ Ngây ngày nay) thuộc huyện Đông - Tây Giang, tỉnh Quảng Đà.

Sau ngày miền Nam giải phóng, thống nhất đất nước, huyện Đông - Tây Giang được đổi lại tên ban đầu là Huyện Hiên, với các đơn vị hành chính thuộc hai huyện Đông Giang, Tây Giang ngày nay. Xã Đhêi đổi tên thành xã Sông Kôn (bao gồm cả vùng đất Jơ Ngây) thuộc huyện Hiên, tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng

Ngày 6 tháng 11 năm 1996, Quốc hội Nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, khóa IX, kỳ họp thứ 10 phê chuẩn việc tách tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng thành hai đơn vị hành chính trực thuộc Trung ương là tỉnh Quảng Nam và thành phố Đà Nẵng. Xã Sông Kôn thuộc huyện Hiên, tỉnh Quảng Nam.

Năm 1998, huyện Hiên gồm 17 xã: Ch’âm; Axan; Tr’hy; Lăng; ATiêng; Dang; BhaLêê; Avương; Arooi; Ma Cooih; Za Hung; Ta Lu; Ka Dăng; Sông Kôn; Ating; Ba; Tư và thị trấn P’rao. Lúc này, địa phận xã Jơ Ngây vẫn nằm trong xã Sông Kôn. 

Năm 1999, xã Sông Kôn chia tách thành hai đơn vị hành chính là: xã Sông Kôn và xã Jơ Ngây. Xã Jơ Ngây tái lập từ đây và chính thức trở lại tên ban đầu cho đến ngày nay . Xã Jơ Ngây thuộc huyện Hiên, tỉnh Quảng Nam.

Ngày 20 tháng 6 năm 2003, Chính phủ ban hành Nghị định số 72/2003/NĐ-CP về tách huyện Hiên, tỉnh Quảng Nam. Theo đó, huyện Hiên được chia thành hai huyện: Tây Giang và Đông Giang. Ngày 06 tháng 8 năm 2003, UBND tỉnh Quảng  Nam tổ chức Lễ công bố Nghị định trên. Theo đó, xã Jơ Ngây thuộc huyện Đông Giang, Quảng Nam.

Ngày nay, xã Jơ Ngây được huyện Đông Giang chọn là trung tâm phát triển kinh tế - xã hội vùng. phát triển đô thị của huyện. Tiềm năng đất đai nhiều, thuận lợi cho việc chuyển dịch cơ cấu cây trồng. Kết cấu hạ tầng được từng bước đầu tư đồng bộ từ nhiều nguồn vốn trong và ngoài nước, tạo nhiều điều kiện cho người dân làm ăn phát triển kinh tế, tăng thu nhập.